血尿的病因錯綜復雜，父母發現孩子存在血尿時常常缺乏相關的病史和伴發癥狀。因此臨床的鑒別是非常重要的。有些小孩出現血尿是因為尿路以外的因素導致血液混入尿中所致，如月經或痔瘡的出血等，這是需要加以除外的。而有些藥物，如氨基比林等或有些染料所致的紅色尿，臨床可以通過鏡下尿紅細胞的檢測以及隱血試驗加以鑒別。
對于真性血尿，臨床醫生還應對出血的部位以及血尿發生的病因做進一步的檢查，這就需要借助于血尿發生的病史，臨床伴發的癥狀以及必要的實驗室檢查，尤其是影像學方面的檢查，如B超、CT、同位素等來協助診斷。
對于一些經過檢查仍然原因不明的血尿，除了定期隨訪外，一旦醫生懷疑血尿來自于腎臟，則必要時可能要借助于腎組織活檢來明確診斷。
