引起習慣性流產的原因很多，目前已證實于妊娠早期發生習慣性流產者，60％以上是由于孕婦及其愛人中存在遺傳基因缺陷或受外界不良環境如放射、藥物等影響而導致胚胎染色體異常所造成。此外，習慣性早期流產的原因還有黃體功能不全、甲狀腺功能減退、子宮畸形、子宮腔粘連、子宮肌瘤等。習慣性晚期流產最常見的原因是子宮頸內口松弛，可因先天性發育異常，也可因分娩、刮宮或子宮頸手術造成。另外，梅毒感染也可導致習慣性晚期流產，這種流產的胎兒都是死胎。
患習慣性流產的婦女在前次流產后，下次妊娠前，應與丈夫一起到醫院進行詳細的檢查，找出病因，然后針對病因進行治療。因黃體功能不全、甲狀腺功能減退等疾患引起的可給藥物治療，因子宮畸形、子宮肌瘤、宮腔粘連引起的可行手術治療。如夫婦雙方之一有染色體異常者，胎兒發生染色體異常的可能性極大，即使妊娠后不發生流產而足月分娩，娩出之胎兒畸形發生率也比較高。
目前對染色體異常尚無特殊的治療辦法，所以這些夫婦最好采取避孕措施，避免妊娠。如一定要生育，就必須在妊娠4～5個月到醫院抽羊水檢查胎兒脫落細胞有無染色體異常或用b超檢查，一經發現胎兒異常應立即終止妊娠，避免娩出畸形胎兒而給社會及家庭造成不幸。因子宮頸內口松弛引起的習慣性晚期流產可在妊娠12～20周，以往發生流產的妊娠月份前到醫院進行子宮頸內口縫扎手術以緊縮子宮頸內口，手術后在醫院臥床休息至以往發生流產的妊娠月份之后，妊娠足月時拆除子宮頸的縫扎線。對病因不明的習慣性流產婦女，在月經稍有過期、疑有妊娠可能時即應臥床禁止性生活、補充維生素b、c、e，口服鎮靜劑，消除精神緊張，其臥床、用藥時間必須超過以往發生流產的妊娠月份。
