一、疾病名稱與疾病分類不同。

　　口蹄疫的英文名為Aphthae Epizootic;手足口病的英文名為Hand,footandmoutn disease。口蹄疫與手足口病是截然不同的兩種傳染病。

　　二、病原體不同。口蹄疫的病原體為口蹄疫病毒，屬于人畜共患病原體。手足口病是由數種腸道病毒感染所致。

　　三、傳染源不同。口蹄疫病毒只引起偶蹄類(兩半蹄子)動物牛、羊、豬、鹿、駱駝等發生口蹄疫，成為人患口蹄疫的傳染源。只有先出現獸疫，才有可能使人患病。

　　手足口病的傳染源是患者和腸道攜帶病毒的人，屬于人類疾病。

　　四、傳播途徑不同。口蹄疫是通過接觸病畜口腔、蹄冠部的潰瘍爛斑，經皮膚粘膜感染的;偶而也有食用了被病毒傳染而又未加熱(巴氏消毒)的奶感染的。因此，人患口蹄疫是極為散在發生的。